Etická komise jako nezávislá odborná komise byla v nemocnici zřízena v roce 1998. V současné době je devítičlenná, její členové byli písemně jmenováni ředitelem nemocnice. Hlavní úkoly místní etické komise spočívají zejm. v činnosti při klinickém hodnocení léčiv probíhajícím v Nemocnici Strakonice, a.s. (nejedná se však o etickou komisi pro multicentrická hodnocení), na vyžádání se též může vyjadřovat k problémům týkajícím se obecně zdravotnické etiky. Při své činnosti se etická komise řídí platnou právní úpravou obsaženou v zákoně o léčivech a ve vyhlášce, kterou se stanoví správná klinická praxe a bližší podmínky klinického hodnocení léčiv, a pracuje podle jednacího řádu a svých standardních pracovních postupů.